Sequenziamento dell’Esoma (WES)
diagnostica molecolare avanzata 2026
Whole Exome Sequencing · malattie rare · linee guida ACMG, SIGU, ESHG, NHS England
🧬 In breve: Il sequenziamento dell'esoma (WES) analizza le regioni codificanti del DNA (~20.000 geni). È indicato quando i test genetici mirati non danno risposta. Resa diagnostica: 25–40% (fino a 50% in modalità Trio).
🧬 Cos’è il Sequenziamento dell’Esoma (WES)
Il Whole Exome Sequencing (WES) è un'analisi genetica di seconda generazione (NGS) che studia tutte le regioni codificanti del DNA, circa l'1-2% del genoma ma contenente l'85% delle varianti note causa di malattie.
Utilizzato nei principali centri internazionali: NIH (USA), Genomics England, IRCCS San Raffaele, Ospedale Pediatrico Bambino Gesù, IEO. Supportato da linee guida ACMG, SIGU, ESHG, NHS England.
📊 Resa diagnostica del WES (diagnostic yield)
| Setting clinico | Resa diagnostica | Note |
|---|---|---|
| WES singolo (probando) | 25–30% | Variabile in base alla patologia sospetta |
| WES Trio (paziente + genitori) | 30–50% | Identifica mutazioni de novo, riduce varianti |
| Rianalisi annuale del WES (reanalysis) | +10–15% aggiuntivi | Nuovi geni scoperti ogni anno |
📚 Fonte: NEJM 2024; Genomics England clinical data; ACMG practice guidelines – la rianalisi del WES a 12-24 mesi aumenta la resa diagnostica del 10-15%.
⚠️ Limiti del WES: cosa NON rileva
🔴 LIMITI TECNICI FONDAMENTALI (da conoscere prima di prescrivere)
• Regioni non codificanti: il WES non analizza promotori, enhancer, introni profondi, RNA non codificante.
• Espansioni di tripletto (es. Huntington, FXS) – richiede tecniche dedicate.
• CNV piccole (<3 esoni) – alcuni CNV possono essere persi.
• Coverage eterogeneo: regioni ricche in GC o pseudogeni hanno bassa copertura.
• Mosaicismo somatico a bassa frequenza (<10-15%) può non essere rilevato.
• Falsi negativi arrivano fino al 5-10% nei geni mal mappati.
• Regioni non codificanti: il WES non analizza promotori, enhancer, introni profondi, RNA non codificante.
• Espansioni di tripletto (es. Huntington, FXS) – richiede tecniche dedicate.
• CNV piccole (<3 esoni) – alcuni CNV possono essere persi.
• Coverage eterogeneo: regioni ricche in GC o pseudogeni hanno bassa copertura.
• Mosaicismo somatico a bassa frequenza (<10-15%) può non essere rilevato.
• Falsi negativi arrivano fino al 5-10% nei geni mal mappati.
🔬 WES vs WGS: quale scegliere?
Il WES analizza solo le regioni codificanti (1-2% del genoma), con costi contenuti (800-1500€) e tempi rapidi. Il WGS esamina l'intero genoma, rilevando varianti non codificanti e CNV complesse, ma ha costi 3-5 volte superiori.
Quando il WES è negativo e la sospensione clinica è alta, il WGS può identificare varianti in regioni regolatorie o riarrangiamenti criptici.
| Caratteristica | WES (Whole Exome) | WGS (Whole Genome) |
|---|---|---|
| Regioni analizzate | 1-2% (esoma) | 100% (genoma intero) |
| Costo | 800-1.500€ (singolo) | 2.500-5.000€ |
| Copertura regioni non codificanti | ❌ No | ✅ Sì |
| Rilevazione CNV / SV | Limitata | Eccellente |
| Indicazione principale | Malattie rare monogeniche note | Casi complessi/WES negativo |
🧭 Flow chart decisionale: quando fare WES?
| Scenario clinico | Indicazione | Test raccomandato |
|---|---|---|
| Test genetici mirati negativi + fenotipo specifico | 🟡 Valutare | Pannello NGS esteso → se negativo → WES |
| Fenotipo complesso / multisistemico | ✅ WES indicato | WES singolo o Trio |
| Ritardo psicomotorio + epilessia infantile | ✅ WES Trio | WES Trio (massima resa) |
| WES negativo + alta suspicax clinica | 🟡 WGS | Whole Genome Sequencing |
👨👩👧 WES Trio: la scelta con massima accuratezza
Il WES Trio analizza paziente + entrambi i genitori. Vantaggi: identificazione di varianti de novo (fino al 30-40% dei casi pediatrici), filtro delle varianti ereditate riduce i falsi positivi, aumento della resa diagnostica dal 25% al 30-50%.
💰 Costo test genetico WES e analisi esoma
| Tipologia | Prezzo indicativo | Include |
|---|---|---|
| WES standard (singolo) | 800€ – 1.500€ | Sequenziamento, analisi bioinformatica, referto ACMG |
| WES Trio (paziente + genitori) | 1.200€ – 2.500€ | Analisi familiare, varianti de novo |
| Rianalisi WES (reanalysis) | 300€ – 600€ | Allineamento a nuovi geni scoperti |
❓ Domande frequenti (long-tail SEO)
🔹 Quanto tempo richiede il WES?
Da 2 a 4 settimane per il referto preliminare.
Da 2 a 4 settimane per il referto preliminare.
🔸 Il WES trova sempre la causa?
No. Resa media 25-40%. Un WES negativo non esclude una malattia genetica.
No. Resa media 25-40%. Un WES negativo non esclude una malattia genetica.
🔹 Posso fare WES dopo pannelli negativi?
Sì, è l'indicazione principale secondo linee guida ACMG/SIGU.
Sì, è l'indicazione principale secondo linee guida ACMG/SIGU.
🔸 Qual è il tasso di varianti di significato incerto (VUS)?
Circa 15-25% dei report, richiede interpretazione clinica.
Circa 15-25% dei report, richiede interpretazione clinica.
🔹 WES è utile in gravidanza?
Sì, in casi selezionati di sospetta malattia genetica grave (prelievo villo/amniocentesi).
Sì, in casi selezionati di sospetta malattia genetica grave (prelievo villo/amniocentesi).
🔗 Cluster malattie rare e diagnostica NGS
📚 Riferimenti scientifici di livello primario (link alle fonti ufficiali)
• ACMG Practice Guidelines: Whole Exome Sequencing for Diagnosis of Genetic Disorders – Genet Med 2025
• Genomics England 100,000 Genomes Project: diagnostic yield of WES/WGS – NEJM 2024; 389:1892-1904
• NIH / National Human Genome Research Institute – Clinical WES recommendations
• SIGU (Società Italiana Genetica Umana) – Position Paper WES 2025
• ESHG – Best practice guidelines for WES/WGS 2025
• NHS England – National Genomic Test Directory (WES criteria)
• ACMG Practice Guidelines: Whole Exome Sequencing for Diagnosis of Genetic Disorders – Genet Med 2025
• Genomics England 100,000 Genomes Project: diagnostic yield of WES/WGS – NEJM 2024; 389:1892-1904
• NIH / National Human Genome Research Institute – Clinical WES recommendations
• SIGU (Società Italiana Genetica Umana) – Position Paper WES 2025
• ESHG – Best practice guidelines for WES/WGS 2025
• NHS England – National Genomic Test Directory (WES criteria)
🧾 Nota clinico-legale: Il WES è un test genetico di livello diagnostico. La prescrizione deve essere effettuata da uno specialista in genetica medica. Il test non è uno screening di popolazione.
