Test Microbiota Shotgun NGS: Analisi Metagenomica Completa del Microbiota Intestinale
Il sequenziamento Shotgun analizza l'intero DNA microbico presente nel campione fecale, identificando batteri a livello di ceppo, funghi, virus a RNA e DNA e parassiti. Una tecnologia avanzata che supera i limiti del classico 16S rRNA.
🩺 Revisione scientifica: Dott.ssa Milena Margarella · Aggiornamento: Settembre 2026⚠️ Nota importante sul contesto clinico: Il sequenziamento Shotgun è una tecnologia avanzata che offre una risoluzione superiore rispetto al 16S. Tuttavia, il consenso internazionale pubblicato su Lancet Gastroenterology & Hepatology (2025) sottolinea che l'analisi del microbiota non fa parte dei percorsi diagnostici di routine e deve essere eseguita solo su indicazione medica specifica. I risultati vanno interpretati da un medico specialista nel contesto clinico del paziente.
🔬 Cosa analizza il Test Shotgun NGS
Il sequenziamento Shotgun legge l'intero patrimonio genetico microbico presente nel campione, superando i limiti del test 16S rRNA. Include l'analisi di batteri, funghi, virus (inclusi virus a RNA) e parassiti.
🦠 Tassonomia a livello di ceppo
Identificazione puntuale dei ceppi benefici (Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila) e mappatura dei patobionti. Il 16S si ferma spesso al genere; lo Shotgun distingue anche ceppi molto simili.
🍄 Microma (Funghi)
Analisi della componente fungina del microbiota intestinale, inclusa la valutazione di Candida albicans, Saccharomyces e altri lieviti. Il 16S non è in grado di rilevare i funghi.
🦠 Viroma (Virus a DNA e RNA)
Identificazione dei virus presenti nel microbiota, inclusi virus a RNA (norovirus, rotavirus) e batteriofagi. Il 16S non rileva né virus a DNA né virus a RNA.
⚡ Potenziale metabolico reale
Valutazione diretta dei geni coinvolti nella produzione di SCFA (butirrato, propionato) e metaboliti del triptofano. Il 16S stima solo tramite algoritmi predittivi.
📊 Shotgun NGS vs 16S rRNA: differenze tecniche
| Parametro | 16S rRNA | Shotgun NGS |
|---|---|---|
| Risoluzione tassonomica | Genere o specie approssimativa | Specie e ceppo |
| Batteri | Sì | Sì |
| Funghi (microma) | No | Sì |
| Virus a DNA | No | Sì |
| Virus a RNA | No | Sì (norovirus, rotavirus) |
| Parassiti | No | Sì |
| Profilo funzionale | Stimato (predizione algoritmica) | Reale (lettura diretta dei geni) |
| Geni AMR | Non rilevabili | Rilevabili (non sostituisce l'antibiogramma) |
| Costo | Inferiore | Superiore |
🎯 Quando può essere utile il Test Shotgun
Il test Shotgun può fornire informazioni aggiuntive in contesti clinici specifici, su indicazione medica:
🔍 Disturbi gastrointestinali cronici
IBS, gonfiore persistente, alvo alternato non risolti da terapie standard, dove una caratterizzazione più profonda del microbiota può guidare il clinico.
🧬 Valutazione di disbiosi complesse
Situazioni in cui la caratterizzazione a livello di ceppo, la presenza di funghi o virus, o il profilo metabolico possono fornire informazioni aggiuntive al medico.
📌 Cosa NON può fare: Il test Shotgun non diagnostica malattie, non sostituisce la valutazione medica, non fornisce raccomandazioni terapeutiche dirette e non sostituisce l'antibiogramma su coltura per la scelta antibiotica. I risultati vanno interpretati da un medico specialista nel contesto clinico del paziente.
📦 Come funziona il Test
Richiedi il kit
Ordina il test. Ricevi a casa il kit di raccolta sterile con istruzioni.
Raccogli il campione
Prelievo fecale in autonomia, nel comfort domestico.
Sequenziamento in laboratorio
Estrazione del DNA e analisi bioinformatica avanzata.
Referto firmato
Referto in 15-20 giorni lavorativi, interpretabile dal medico.
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Per informazioni sul test e per discutere se è indicato nel tuo caso, contatta il nostro laboratorio. Il test va utilizzato su indicazione medica.
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