Diagnosi Malattie Rare: Test NGS, WES e Sequenziamento Genomico
Supervisione Scientifica: Dott.ssa Milena Margarella · Direttore scientifico
Infrastruttura: Allergoline Biotech & Research S.r.l. · Attiva dal 2001 · Flussi Certificati UNI EN ISO 9001:2015
Il Whole Exome Sequencing (WES) rappresenta un'indagine molecolare avanzata finalizzata all'analisi della regione codificante del genoma umano (esoma). Tale metodica costituisce lo standard di riferimento per l'identificazione della causa eziologica in pazienti con quadri clinici complessi, per i quali le indagini molecolari di primo livello non hanno fornito risposte esaustive.
Definizione Clinica: Cos'è il WES e Perché è Fondamentale
Il Whole Exome Sequencing (WES) rappresenta un'indagine molecolare avanzata finalizzata all'analisi della regione codificante del genoma umano (esoma). Sebbene l'esoma costituisca solo circa l'1-2% del genoma totale, contiene circa l'85% delle varianti patogene note associate a malattie genetiche.
Perché il WES è lo standard di riferimento
- Analisi completa di tutti i geni codificanti
- Identificazione dell'85% delle varianti patogene note
- Riduzione dell'odissea diagnostica
- Accesso a terapie mirate e personalizzate
- Consulenza genetica per i familiari
Quando è indicato il WES
- Fenotipi complessi non diagnosticati con test mirati
- Pazienti pediatrici con ritardo dello sviluppo
- Malattie rare con sospetta base genetica
- Condizioni con eterogeneità genetica
- Famiglie con storia di malattie genetiche
Il WES è lo strumento che consente di porre fine all'odissea diagnostica dei pazienti con malattie rare, offrendo una risposta molecolare in una percentuale significativa dei casi e aprendo la strada a terapie personalizzate e alla consulenza genetica familiare.
Percorso Diagnostico per le Malattie Rare
La diagnosi di una malattia rara richiede un approccio multidisciplinare e strutturato. L'attuale normativa nazionale e le indicazioni dell'Istituto Superiore di Sanità (ISS) promuovono la centralizzazione della diagnostica presso centri di riferimento dotati di tecnologie NGS.
1. Consulenza Genetica
- Valutazione della storia clinica
- Analisi dell'albero genealogico
- Identificazione del fenotipo
2. Definizione del Test
- Pannelli mirati (sospetto clinico)
- WES (fenotipi complessi)
- WGS (casi selezionati)
3. Interpretazione Clinica
- Analisi bioinformatica
- Classificazione ACMG
- Filtraggio varianti
4. Validazione
- Conferma con metodiche ortogonali
- Segregazione familiare
- Referto clinico
Dati di efficacia: In studi clinici, il WES ha identificato varianti causali in una percentuale significativa dei pazienti con malattie rare, con tassi di diagnosi che variano a seconda della patologia.
Confronto tra Metodiche di Sequenziamento
La scelta della metodica diagnostica dipende dal quadro clinico e dalla complessità del caso. Di seguito il confronto tra le principali metodiche di sequenziamento:
| Metodica | Estensione Analitica | Indicazioni Cliniche | Vantaggi |
|---|---|---|---|
| Pannelli NGS | Geni selezionati (target) | Sospetto clinico orientato | Rapido, economico, focus su geni noti |
| WES | Esoma completo | Fenotipi complessi o negativi a test mirati | Analisi completa dei geni codificanti, 85% delle varianti |
| WGS | Genoma intero | Varianti strutturali complesse | Analisi completa, CNV, regioni non codificanti |
Indicazioni alla scelta della metodica
- Pannelli NGS: Quando il sospetto clinico è ben definito e limitato a un gruppo di geni.
- WES: In presenza di fenotipi complessi, eterogenei o quando i pannelli mirati risultano negativi.
- WGS: Per varianti strutturali complesse, delezioni/duplicazioni non rilevabili con WES.
Riferimenti Normativi e Scientifici
La diagnosi delle malattie rare è regolamentata da un quadro normativo e scientifico che promuove la centralizzazione della diagnostica presso centri di riferimento dotati di tecnologie avanzate.
Istituto Superiore di Sanità
- Registro Nazionale Malattie Rare
- Promuove la centralizzazione della diagnostica
- Fornisce linee guida per la diagnosi
Reti Europee
- Orphanet – Portale di riferimento
- European Reference Networks (ERN)
- Collaborazione tra centri europei
Classificazione ACMG
- American College of Medical Genetics
- Classificazione delle varianti in 5 classi
- Standard internazionale
Classificazione ACMG delle varianti: Le varianti vengono classificate in 5 categorie: Classe 5 (Patogenetica), Classe 4 (Probabilmente Patogenetica), Classe 3 (VUS), Classe 2 (Probabilmente Benigna), Classe 1 (Benigna). Questa classificazione è il gold standard internazionale per l'interpretazione dei dati genetici.
Testimonianze
"Dopo anni di visite e indagini senza diagnosi, il WES ha finalmente identificato la causa della malattia di mio figlio. Oggi possiamo accedere a terapie mirate e abbiamo una risposta alle nostre domande."
"Il WES ha permesso di diagnosticare una malattia rara in mia sorella, dopo anni di odissea diagnostica. La consulenza genetica ci ha aiutato a comprendere i risultati e a pianificare il futuro."
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Governance Scientifica e Riferimenti
Revisione Scientifica: I contenuti di questa pagina sono stati revisionati dalla Dott.ssa Milena Margarella, Specialista in Genetica Medica, Direttore Scientifico di Allergoline Biotech & Research.
Riferimenti normativi: ISS, Orphanet, ERN, ACMG.
Data ultimo aggiornamento: 27 maggio 2026.
Riferimenti Scientifici
Nature Genetics. Whole-exome sequencing and its impact on the diagnosis of rare diseases. 2019.
Goodwin S, et al. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics. 2016.
ACMG Guidelines. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. 2024.
ISS. Registro Nazionale Malattie Rare. Rapporto annuale 2025.
Domande Frequenti (FAQ) – Diagnosi Malattie Rare
Il Whole Exome Sequencing (WES) è un'indagine molecolare avanzata finalizzata all'analisi della regione codificante del genoma umano (esoma), che rappresenta circa l'1-2% del genoma totale ma contiene circa l'85% delle varianti patogene note. Costituisce lo standard di riferimento per l'identificazione della causa eziologica in pazienti con quadri clinici complessi.
I pannelli NGS analizzano geni selezionati in base al sospetto clinico. Il WES
(Whole Exome Sequencing) analizza l'intera regione codificante del genoma (esoma), ideale per fenotipi complessi. Il WGS (Whole Genome Sequencing) analizza l'intero genoma, indicato per varianti strutturali complesse non rilevabili con le altre metodiche.I principali riferimenti normativi e scientifici includono: Istituto Superiore di Sanità (ISS) con il Registro Nazionale Malattie Rare, Orphanet, European Reference Networks (ERN) e l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) per la classificazione delle varianti.
Il WES richiede generalmente 4-6 settimane per l'analisi completa, dalla ricezione del campione alla refertazione. Questo include il sequenziamento, l'analisi bioinformatica, l'interpretazione delle varianti e la validazione dei dati.
In alcuni casi specifici, come sospetto di malattia rara con quadri clinici complessi, il WES può essere erogato dal SSN attraverso i centri di riferimento per le malattie rare. La copertura è in evoluzione con l'adozione crescente delle tecnologie genomiche.
La classificazione ACMG è un sistema standardizzato internazionale per l'interpretazione delle varianti genetiche. Le varianti vengono classificate in 5 categorie: Classe 5 (Patogenetica), Classe 4 (Probabilmente Patogenetica), Classe 3 (VUS), Classe 2 (Probabilmente Benigna), Classe 1 (Benigna).
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